生态工程技术是研发中心核心研究方向之一，主要依托团队内湿地生态学、环境科学、环境工程、水土保持、植物学、动物学、园林景观等多学科优势，开展水环境修复、土壤修复、生物多样性恢复等生态工程技术研究及应用。目前侧重于小微湿地工程、微生物处理工程技术研究。
-
在缺少污水处理设施的农村和远郊区，利用现有地势低洼、排水不畅或者经常积水的区域，构建污染综合处理小微湿地，引入净化能力较强的湿地生物，对农村生活污水、农业退水、受污染河道等水体进行污染物拦截、转化及降解，减少进入下一级湿地的污染负荷，发挥小微湿地的水质净化能力；此外，还可综合区域其他生态需求，构建具有生物多样性支持、防洪调蓄、景观营造等生态功能的复合小微湿地生态系统。
-
研究微生物代谢活动过程、产物活性，经筛选、纯化、菌种改良，形成具有特定生态功能的微生物高活性菌群；研究具有不同降解功能和具有互生或共生关系的微生物的最优配比，经工业化生产扩繁，形成相应的复合微生物菌剂，主要应用于水体修复、土壤修复、尾水处理等领域，修复受损生态系统。
